Die Geschichte der Stadt begann offiziell im Jahre 1459, als Vlad Tepes in einer Festung am Rande des Flusses Dâmbovi?a weilte, in der Festung Bukarest. Damals war noch nicht Bukarest die Hauptstadt der Walachei, sondern Târgovi?te. Zu Beginn des 16. Jahrhunderts errichtete Mircea Ciobanu, der Herrscher der Walachei, den Fürstenpalast, heute bekannt als das Alte Fürstenhof. In dieser Zeit wurden auch zwei der ältesten Kirchen der Stadt gebaut, die St.-Anton-Kirche und die Alte St.-Georg-Kirche.

Im Jahre 1595 wurde die Hauptstadt von den Truppen des Osmanischen Reiches durch Sinan Pascha besetzt. Dieser stärkte die Stadt und verwandelte die Kirchen in Moscheen. Im gleichen Jahr wurden die Türken aus Bukarest von Michael den Tapferen vertrieben. Diese ließen die Stadt aber geplündert und verbrannt zurück. Beginnend mit der Herrschaft von Radu ?erban im Jahre 1601 wurde Bukarest erneuert und modernisiert, bis im Jahre 1640 wieder Târgovi?te zur Hauptstadt der Walachei genannt wird. Für Bukarest fing hier eine harte Zeit an, die Stadt wurde zuerst verbrannt, dann von Tataren geplündert und in einer schlimmen Hungersnot gelassen.

Hauptstadt der Walachei zog im Jahre 1659 zurück nach Bukarest. Unter der Herrschaft von Grigore Ghica wurde Bukarest wieder erneuert und weiterentwickelt. Im Jahre 1689 wurde die Stadt von Österreichern geplündert. Im 18. Jahrhundert begann sich in Bukarest ein starker orientalischer Einfluss auszuüben, die Hierarchie der Bukarester Gesellschaft richtete sich nach dem griechischen Vorbild. Während des russisch-türkischen Krieges wurde Bukarest zweimal von russischen Truppen besetzt, dann für zwei Jahre von Österreichern.

Im Jahre 1821 gab es eine Revolution gegen die Phanariotenherrschaft, wonach die Türken Bukarest für ein Jahr besetzten. Anschließend wurde Bukarest von Russland besetzt, unter dem General Pavel Kiseleff. Im 19. Jahrhundert glich der westliche Einfluss den orientalen Einfluss aus der Phanariotenzeit aus. Nach der Revolution von 1848 wurde Bukarest erneut von türkischen Truppen besetzt. Daraufhin marschierten auch russischen Truppen in die Hauptstadt und es begann eine doppelte Herrschaft über die Stadt, die bis 1851 dauerte.

Weitere Besetzungen Bukarests durch Russen, Türken und Österreichern zwischen den Jahren 1851 und 1859 legte die Basis einer starken industriellen, sowie kulturellen Entwicklung. Der US-amerikanische Militärarzt Oscar James Noyes schrieb 1854 über Bukarest: "Ich habe noch nie Mangel und Luxus, Schönheit und Hässlichkeit, sowie Stolz und Armut in einem solch auffallenden Kontrast gesehen." Im Jahre 1859 fand die Vereinigung der rumänischen Fürstentümer Walachei und Moldau unter Fürst Alexandru Ioan Cuza statt. Im Jahre 1861 wurde Bukarest als Hauptstadt der Vereinigten Rumänischen Fürstentümer erklärt und ein Jahr später eröffnete hier das erste Parlament des Landes. Zwischen 1881 und 1914 war Karl I. von Hohenzollern-Sigmaringen der König von Rumänien. In dieser Zeit erlebte Bukarest eine spektakuläre Entwicklung und nähert sich immer mehr den westeuropäischen Metropolen. Wegen der Architektur und dem Luxus parisischen Vorbilds erhielt Bukarest auch den Spitznamen Kleiner Paris.

Die größte und auch die letzte administrative und kulturelle Blüte erlebte Bukarest während der Zwischenkriegszeit. In dieser Zeit wurde viel gebaut, in verschiedenen Stilen, vorallem im Zentrum, während in den Peripherien die ländlichen Bedingungen herrschten. Im Jahre 1940 wurde Bukarest von einem Erdbeben mit einer Stärke von 7,4 Grad auf der Richterskala getroffen und im Jahre 1944 erlitt die Stadt eine Reihe von Bombenangriffen von der Seite der Alliierten. Nach dem Zweiten Weltkrieg installierte sich in Rumänien ein kommunistisches Regime nach dem Vorbild der Sowjetunion. Zunächst, bis 1965 (während des Herrschaft des Gheorghe Gheorghiu-Dej), wurde die Lage der Stadt nicht ernsthaft betroffen. Aus architektonischer Sicht wurde in dieser Zeit versucht, moderne Architektur mit der älteren zu harmonisieren, also waren Abrisse eher selten. Der totale Verfall Bukarests fand während der Herrschaft von Nicolae Ceau?escu als Diktator Rumäniens. Nach dem Erdbeben von 1977, das viele Gebäude in Bukarest stark beschädigte, begann die Verwirklichung größenwahnsinniger Projekte, die den Abriss ganzer Stadtviertel, sowohl am Rande als auch im Zentrum der Stadt, erforderte. In dieser Zeit wurden viele religiöse Gebäude gesprengt, darunter auch das Kloster Vacare?ti (das größte Kloster in Südosteuropa), das Kloster Mihai Voda und der Großteil der Synagogen in der Stadt. Weitere Kirchen wurden zwischen neuen Plattenbauten versteckt. Selbst nach dem Fall des Kommunismus im Jahr 1989 hat der Verfall Bukarests nicht aufgehört. Viele historische Denkmäler sind einsturzgefährdet. Im Jahr 2012 eröffnete das historische Stadtzentrum von Bukarest als Fußgängerzone, bei dieser Gelegenheit begann eine Reihe von Renovierungen der Altbauten, welche auch heute noch fortgesetzt wird.