In den so genannten "Salzburger Annalen" aus dem Jahre 907 lassen sich die ersten schriftlichen Hinweise auf die heutige Stadt Bratislava finden. Darin wurde urkundlich ein Ort namens Brezalauspurc erwähnt. Andere Schreibweisen (etwa bei Johannes Aventinus aus dem Jahre 805) geben die Namen Braslavespurch oder Pressalauspruch an. Doch wissenschaftliche Untersuchungen haben ergeben, dass eine erste dauerhafte Besiedlung der Gegend um die heutige slowakische Hauptstadt bereits in der Jungsteinzeit (etwa 5700 v. Chr.) eingetreten war. Diese ersten Siedler waren demnach Angehörige der Kultur der Linearbandkeramiker. Im 5. Jahrhundert kamen die Kelten in das Gebiet und ließen sich dort nieder. Sie (bzw. der Stamm der Boier) gründeten etwa dort, wo sich die heutige Stadtmitte finden lässt, um das Jahr 115 v. Chr. herum eine befestigte Siedlung. Zwischen dem 1. und dem 4. Jahrhundert waren es zum einen die Römer, welche das Gebiet beherrschten, zum anderen die Germanen. So verlief auch der berühmte Donaulimes quer durch das heutige Stadtgebiet. Um das Jahr 500 kamen die Slawen in das Gebiet und gründeten 623 das (bis 658 bestehende) Reich des Samo, womit sie das erste bekannte slawische Staatengebilde hervorbrachten.

Ist die städtische Entwicklung für das 10. Jahrhundert nur ungenau darzustellen, so geht man doch davon aus, dass das heutige Bratislava etwa ab dem Jahre 907 unter magyarischer bzw. ungarischer Herrschaft gestanden haben muss. Um die Jahrhundertwende vom 10. zum 11. Jahrhundert herum wurde das Komitat Pressburg gegründet. 990 ging die Stadt an Bayern und als Mitgift von Gisela von Bayern anlässlich ihrer Heirat mit dem ungarischen König Stephan I. an den ungarischen Staat über. Etwa um das Jahr 1001 herum wurde Bratislava mitsamt der ganzen Slowakei von Polen erobert. Ab etwa 1030 kam die Stadt dann schließlich ganz zum Königreich Ungarn. Unterhalb der Pressburg sollte sich von nun an eine Marktsiedlung entwickeln, welche wegen ihrer außerordentlich guten strategischen Lage mehrfachen Angriffen fremder Mächte ausgesetzt wurde. So kamen etwa die Mongolen ins Umland und verwüsteten es 1241. Hernach wurden viele deutsche Kolonisten in der Stadt angesiedelt. Diese stellten spätestens ab der Neuzeit die Bevölkerungsmehrheit. Der ungarische König Andreas III. verlieh Bratislava 1291 endlich das Stadtrecht und Kaiser Sigismund von Luxemburg erklärte Bratislava 1405 zur königlichen Freistadt.

Im Anschluss an die Schlacht bei Mohács (1526) trat das Königreich Ungarn weite Teile des Territoriums an das Osmanische Reich ab. In diesem Zusammenhang wurde Bratislava 1536 zur Hauptstadt des Königlichen Ungarn genannten Restterritoriums. Dieses wurde nun von den Habsburgern regiert und war Sitz aller wichtigen Institutionen sowie von 1543 an zudem Sitz des Erzbischofs von Gran. Im Martinsdom wurden in den Jahren zwischen 1563 und 1830 acht Monarchen aus dem Hause Habsburg gekrönt. Nicht nur unter der Herrschaft der Kaiserin Maria Theresia, sondern überhaupt im 18. Jahrhundert durfte Bratislava eine kulturelle und wirtschaftliche Blütezeit erleben und zur größten und wichtigsten Stadt des gesamten ungarischen Königreichs werden. Neue Paläste wurden gebaut, neue Klöster und Landgüter. Die Bevölkerung wuchs um ein Dreifaches an. Diese Zeit endete erst unter Joseph II., wozu auch beigetragen hat, dass die Kronjuwelen 1783 nach Wien überführt wurden und die Verwaltung nach Ofen (heute Teil von Budapest) umzog. Doch Bratislava konnte in der Folgezeit zum städtischen Mittelpunkt der slowakischen Nationalbewegung werden.

Im Jahre 1805 wurde in Bratislavas Primatialpalais zwischen Österreich und Frankreich (nach Napoléon Bonapartes Sieg bei Austerlitz) der Frieden von Pressburg unterzeichnet. In Folge der erneuten Frontstellung gegen Frankreich (1809 mit England) kam es zu französischen Bombardements auf Bratislava, in deren Verlauf u.a. die Burg Devín zerstört wurde. Mit dem ausgehenden 19. Jahrhundert war Bratislava die (nach Budapest) am stärksten industrialisierte Stadt des ungarischen Königreichs. Bratislava wurde im Jahre 1918 auf Anordnung der Alliierten der neu gegründeten Tschechoslowakei angegliedert, die dann mit ausländischer Hilfe im Januar 1919 die Stadt eroberte. Sie übte von nun an die Funktion einer De-facto-Hauptstadt des slowakischen Teils der Tschechoslowakei aus. Viele Ungarn flohen wegen ihrer Ablehnung des tschechischen Staates nun aus der Stadt. Von 1938 an war Bratislava der Sitz der Regierung der autonomen Slowakei und von 1939 an Hauptstadt der ersten slowakischen Republik. Der überwiegende Teil der in Bratislava lebenden Juden wurde nun von der slowakischen Regierung ausgewiesen und den Nationalsozialisten überlassen.

Aus der 1945 von den Sowjets eroberten Stadt wurden in den folgenden Jahren die dort ansässigen deutschen Einwohner vertrieben (auf die Benes-Dekrete zurückgehend), so dass die Stadt fast nur noch von Slowaken bewohnt war. Nachdem die Kommunistischen Partei 1948 an die Macht gekommen war, wurden weite Plattenbausiedlungen hochgezogen und städtebauliche Modernisierungen vorgenommen, denen nicht wenige architektonisch wertvolle Bauwerke zum Opfer fielen. Seit dem 1. Januar 1968 war Bratislava formell die Hauptstadt der Slowakei (ab 1969 Slowakische Sozialistische Republik). Ende 1989 trat Bratislava als eines der Zentren der so genannten Samtenen Revolution hervor, welche die Vertreibung der Kommunisten aus dem Land zur Folge hatte. Bratislava ist nun seit 1993 Hauptstadt der unabhängigen Slowakei.